PrototypeUIは、Webサイト（ブラウザ）内で、Windowsプログラミングをするためのライブラリです。
「まだ正式リリースではないので、プロジェクトには使わないで下さい」的な状態ですが、
何しろクールなので、もう完成しているも同然なので、自分のアプリケーションが使う範囲内でテストして、そのテストに通ったら使うのもありだと思います。
PrototypeUIは、もともとはPrototype windowという名前でしたが、
名前が新しくなっています。
Prototype windowのほうは2007年で開発が終わっているようなので、
これから使うのならPrototypeUIです。