JsDocとは、JavaDocのJavaScript版のことで、現在こちらで開発が進められています。
簡単に言ってしまえば、JsDocは、JavaScriptのソースファイルに記述されたソースと特別なコメントを元に、
そのソースファイルの内容からドキュメントを作成するためのツールです。
このツールは自分でライブラリを作成した時や、チーム内で意志疎通を取る時に役立つと思います。
が、執筆現在(2008年6月16日)では、β版で、README.TXTにも書いてある通り、デモとバグ探しの目的のみで配布してあるらしいので、
ひょっとするとなにか問題があるかもしれません。
しかし、リアルタイムに動作させるようなミッション・クリティカルなものでもないので
（例え問題が起こったとしても、気軽にその使用をあきらめればよいだけなので）、
是非一度この便利なツールを使ってみて下さい。