JsDoc-Toolkitを使用するには、Windowsの場合はJava VM6以降が、Mac OSの場合はJava VM5以降がインストールされている必要があります。
まだインストールされていない人は、JsDoc-Toolkitを使用する前にまずJava VMをインストールします。
こちらからダウンロードして、適当なディレクトリで展開します。 今回はC:\JsDocに展開したものとして、その下にapp等のディレクトリがあるものとします。
次に、JsDocはそのままでは使いにくいので、呼び出しやすいようにバッチファイルを作成しましたので、 [ こちら ( zip ) ] からダウンロードして展開し、JsDoc-Toolkitを展開したディレクトリ（今回の例だとC:\JsDoc）の中に格納します。
JsDoc-Toolkitを展開したディレクトリ（C:\JsDoc）に環境変数を設定し、 コマンドプロンプトからjsdocと入力してエラーにならなければ設定は完了です。
設定が済んだら、
jsdoc mysrc.js mydestination
のようにコマンドを入力して使用します。
mysrc.jsはドキュメント化したいJavaScriptのソースファイル、mydestinationは作成したドキュメントを格納するディレクトリのパスです。
mydestinationは省略することができます。